Thềm lục địa của đại dương này hẹp với bề rộng trung bình 200 km, trừ biển ngoài khơi châu Úc có bề rộng hơn 1.000 km. Chiều sâu trung bình của đại dương là 3.890 m (12.762 ft). Điểm sâu nhất là Diamantina Deep ở rãnh Diamantina với độ sâu là 8.047 m (26.401 ft), đôi khi người ta cũng nhắc đến rãnh Sunda với độ sâu 7.258–7.725 m (23.812–25.344 ft).[11] Phía bắc của vĩ độ 50° Nam, 86% đại dương bị bao phủ bởi các trầm tích biển sâu, trong đó hơn phân nửa là đới globigerina. 14% còn lại bị phủ bởi các trầm tích lục địa. Các trầm tích băng phân bố chủ yếu ở các vĩ độ cận phía nam.

Địa hình dưới biển

Là một trong những đại dương lớn trẻ nhất[12] nó có các sống núi tách giãn đang hoạt động và là một phần trong hệ thống các sống núi giữa đại dương:-

• Sống núi Carlsberg
• Sống núi Tây nam Ấn Độ Dương
• Sống núi Đông nam Ấn Độ Dương
• Sống núi trung tâm Ấn Độ Dương

Sống núi Ninety East chạy theo phương bắc-nam ở kinh độ 90°Đông, chia cắt Ấn Độ Dương thành phần phía đông và phía tây.

Sống núi Chagos-Laccadive là một dải núi ngầm khác chạy theo hướng gần như bắc-nam giữa Lakshadweep, ám tiêu Maldives và quần đảo Chagos.

Cao nguyên Kerguelen là một lục địa nhỏ bị nhấn chìm, có nguồn gốc núi lửa ở nam Ấn Độ Dương.

Cao nguyên Mascarene là một cao nguyên dưới biển dài 2000 km nằm ở phía đông Madagascar.

Thủy hải văn

Số ít các sông lớn đổ vào Ấn Độ Dương như các sông Zambezi, Shatt al-Arab, Hằng, Narmada, Ấn, Brahmaputra, Jubba và Irrawaddy. Các dòng hải lưu chủ yếu chịu sự chi phối của gió mùa. Hai dòng hải lưu lớn, một ở bắc bán cầu chảy theo chiều kim đồng hồ và một ở phía nam của xích đạo chảy theo chiều ngược kim đồng hồ. Tuy nhiên, trong suốt mùa gió đông bắc, các dòng hải lưu ở phía bắc đảo chiều.

Dòng hải lưu dưới sâu chịu sự chi phối bới các dòng chảy vào từ Đại Tây Dương, biển Đỏ, và các dòng hải lưu Nam Cực. Phía bắc của vĩ độ 20° Nam, nhiệt độ bề mặt là 22 °C (72 °F), vượt cao hơn 28 °C (82 °F) về phía đông. Về phía nam đến 40°Nam], nhiệt độ giảm nhanh chóng.

Độ muối bề mặt dao động từ 32 đến 37 phần ngàn, độ muốii cao nhất trong biển Ả Rập và vành đai giữa Nam châu Phi và tây-nam Úc. Túi băng và băng trôi được phát hiện quanh năm về phía nam của 65° Nam. Giới hạn trung bình về phía bắc của băng trôi là 45°nam.